一是将专项资金审计与财政预算执行审计相结合。在对同级财政预算执行审计中，把专项资金的到位和及时分配作为审计重点之一，审查是否纳入预算、足额配套，资金是否及时足额拨付。

二是将专项资金审计与财政财务收支审计相结合。在财政、财务收支审计中，运用审阅核对法、数据关联法等审计方法，从细微之处发现问题，查找纰漏和蛛丝马迹，揭示挤占、挪用专项资金等问题。

三是将专项资金审计与经济责任审计相结合。扩展经济责任审计深度，科学合理界定领导干部应负责任，把涉及教育、医疗、扶贫等重点专项资金作为审计重点，监督检查政策落实不到位、政策目标未实现以及严重影响和损害群众利益的问题。

四是将专项资金审计与基建决算审计相结合。通过对基建工程项目预决算审计，重点审查有无擅自变更项目计划、虚报冒领项目工程资金和截留、挪用资金的问题。

五是将专项资金审计与审计调查相结合。扎实做好审计调查，摸清资金使用流向和监管方式，顺着资金的流向纵向到底，延伸审计链条一查到底，审查是否用于特定事项，有无挪作他用；围绕资金作用，实地调查是否发挥了应有的经济效益和社会效益，有无效益低下、损失浪费等问题。